1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
猪流行性腹泻(Porcineepidemicdiarrhea，PED)是由冠状病毒科冠状病毒属的猪流行性腹泻病毒(Porcineepidemicdiarrheavirus，PEDV)引起的猪的急性、高度接触性肠道传染病，临床以水样腹泻、呕吐、脱水为主要特征，各年龄猪和不同品种的猪群都有易感性，但对哺乳仔猪的危害性较大。其病毒表面具有3种结构蛋白：纤突蛋白(S)、膜蛋白(M)、包膜蛋白(E)，其中S蛋白在受体细胞结合吸附、膜融合等方面发挥重要作用，也是诱导机体产生保护性中和抗体的主要免疫蛋白。PEDV的遗传变异主要集中在S基因也就是纤突蛋白上。
1971年英国首先报道了PED的发生，随后比利时、德国、瑞士、日本等许多国家相继报道了该病的发生，我国在1976年首次报道猪流行性腹泻的发生，但直到1984年才通过免疫荧光试验证实病原为PEDV。20世纪80年代以后，我国不断有PED发生的报道，26个省市自治区都曾发生过。20世纪90年代后期，我国开始大面积地使用猪传染性胃肠炎和猪流行性腹泻二联疫苗进行免疫，取得了很好的效果。但从2006年以后，在一些免疫过PEDV疫苗的猪场多次发生腹泻疫情。尤其是2011年冬末2012年春季之际，我国广东福建等南方数省持续暴发仔猪腹泻。2012年3月-5月份，河南、辽宁等北方省份的猪群也不同程度地暴发了仔猪腹泻，个别猪场仔猪的感染率高达90％以上，病死率超过了50％，给养猪业造成了巨大损失。因为PEDV在亚洲引起的仔猪死亡率明显高于欧洲的仔猪死亡率，并且在我国PEDV感染更加严重，所以对PEDV基因的研究至关重要。目前，国内外关于PEDV的研究已经成为热点。
参考文献
2. 研究的基本内容和问题
本研究目标在于通过分析样品PEDVS基因的遗传变异特点，了解目前PEDV的遗传变化情况，提示PEDV在近年变异和进化的趋势，以期为PEDV今后更深入的研究奠定基础。其中，对S基因进行RT-PCR扩增、克隆及测序，并对其序列变化、遗传进化关系、抗原位点糖基化位点和多肽极性进行分析，显示PEDVS基因部分核苷酸及氨基酸的改变使其关键序列明显不同于以往毒株。通过分析PEDVS基因的遗传变异特点，了解目前PEDV的遗传变化情况，提示PEDV在近年变异和进化的趋势，以期为PEDV今后更深入的研究奠定基础。
3. 研究的方法与方案
研究方法
RT-PCR扩增、克隆及测序，并对其序列变化、遗传进化关系、抗原位点糖基化位点和多肽极性进行分析。
实验方案
4. 研究创新点
实验设计是针对于PEDV的S基因，进行RT-PCR扩增、克隆及测序，并对其序列变化、遗传进化关系等进行分析，显示PEDV的S基因部分核苷酸及氨基酸的改变使其关键序列明显不同于以往毒株。以此了解目前PEDV的遗传变化情况，提示PEDV在近年变异和进化的趋势，并有助于研究PEDV的S基因遗传变异情况对其致病性的影响。
5. 研究计划与进展
实施计划及预期进展
2015.9.3－2015.9.30 实验准备，查阅资料，并制定详细的研究方案；掌握PCR、琼脂糖电泳以及胶回收等操作的基本方法；
2015.10－2015.11 对样品进行采集、扩增和鉴定，并将阳性产物回收；
