克氏原螯虾小RNA样病毒的鉴定及其基因组序列分析开题报告

 2023-02-16 09:02

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

克氏原螯虾(Procambarus clarkii)又名美国螯虾、路易斯安那州螯虾,我国大陆地区称小龙虾。

在动物分类学上,克氏原螯虾是隶属于节肢动物门( Arthropoda)甲壳纲(Crustacea)十足目(Decapoda)刺蛄科(Astacidae)原螯虾属(Procambarus)的淡水鳌虾类。

克氏原螯虾原产地为美国南部和墨西哥东北部,20世纪20年代传入日本,1929 年由日本引入我国, 半个多世纪以来,其自然种群发展很快,已广泛分布于我国大部分省市,特别是在长江中下游地区已成为优势种群[1]。

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2. 研究的基本内容和问题

二、研究目标筛选和鉴定出克氏原螯虾肝胰腺中潜伏的潜在致病小RNA样病毒,得到病毒的全基因组序列、分析出其携带的遗传进化信息,了解和掌握小RNA病毒潜在的致病信息。

三、研究内容1、筛选鉴定健康克氏原螯虾肝胰腺中的小RNA样病毒根据本课题组前期在克氏原螯虾发病组织通过高通量测序得到的四组小RNA病毒基因组序列的部分片段,在NCBI中利用Primer-BLAST工具分别设计相应片段的外引物和内引物的上下游引物[7]。

首先通过TRizol试剂提取克氏原螯虾肝胰腺样本的总RNA,随后进行巢式反转录PCR鉴定病毒,利用病毒通用引物对总RNA进行反转录获得首链cDNA,先利用外引物的上下游引物对首链cDNA进行PCR扩增,再以双蒸水稀释50倍的该PCR扩增产物为模板,利用内引物的一对上下游引物进行第二次PCR,得到的终产物进行琼脂糖凝胶电泳,利用凝胶成像分析系统观察电泳结果进行鉴定。

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3. 研究的方法与方案

五、研究方法1、利用TRIzol试剂抽提组织中的总RNA。

2、通过反转录巢式PCR筛选和鉴定样本中的小RNA样病毒。

3、采用分子克隆和测序方法获得小RNA样病毒的空缺片段。

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4. 研究创新点

八、研究特色1、 本实验首次提出在克氏原螯虾体内潜伏着对克氏原螯虾生长具有潜在致病性的小RNA样病毒。

2、 利用反转录巢式PCR对克氏原螯虾体内少量存在的小RNA病毒进行鉴定。

3、 获得小RNA样病毒的全长序列并对其进行分类学意义上的探究。

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5. 研究计划与进展

九、研究计划及预期进展1、2017.7--2017.8 进行前期实验,获得克氏原螯虾发病组织,送公司进行高通量测序。

2、2017.92017.10 采集不同批次的无发病症状的克氏原螯虾,获得大量肝胰腺组织样本。

3、2017.10--2017.12 对采集到的样本编号,提总RNA,随后利用反转录巢式PCR筛选鉴定样本中的小RNA样病毒。

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