1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
本课题的意义：抗菌肽( Antimicrobial peptides，AMPs) 是生物机体先天免疫系统的重要组成部分，参与机体免疫的第一道防线。
NK-lysin是一种阳离子抗菌肽，由宿主机体的自然杀伤细胞和细胞毒性T淋巴细胞产生，具有抗微生物、抗肿瘤、免疫调节、中和内毒素等生物学功能[1]。
抗菌肽被认为是哺乳动物先天免疫的重要组成部分，最初是从猪小肠中分离出7％残留的抗菌肽NK-lysin（NKL）。
2. 研究的基本内容和问题
研究的目标：在大白猪和长白猪免疫应答RNA测序结果的基础上，选取猪NK-lysin的基因作为抗性相关的候选基因，进一步寻找和鉴定NK-lysin基因中的SNP位点，鉴定NK-lysin与基因在免疫应答抗性的重要影响及作用。
内容：①引物的设计：从ENSEMBL猪基因组图谱中查找到NK-lysin基因的基因组序列，通过Primer 5.0软件针对NK-lysin基因外显子区域设计特异性引物，设计出的引物交由上海生工生物公司进行合成。
②SNP突变位点的寻找与鉴定：经采用长白猪和大白猪耳组织DNA进行25微升体系的PCR扩增，通过凝胶电泳技术，成功获得NK-lysin基因各个外显子PCR片段，将所得PCR产物经过直接测序进行对比寻找到外显子区域的SNP位点。
3. 研究的方法与方案
研究方法：本实验基于RNA-seq测序结果和数据处理与分析等技术，筛选出差异表达基因，在差异表达基因结果中选出效应显著的候选猪NK-lysin基因。
对NK-lysin基因外显子区域进行PCR扩增，得到大白猪和长白猪两猪种的NK-lysin猪基因全部外显子片段，利用PCR产物直接测序，获得PCR产物序列，并对比筛查到NK-lysin基因的功能SNP位点，利用PCR产物直接测序技术对猪资源群体进行SNP基因分型。
技术路线：①RNA-Seq 测序结果分析；②筛选出NK-lysin基因；③设计引物扩增基因4个外显子；④PCR产物测序的SNP筛查；⑤猪资源群体基因组提取；⑥SNP位点片段扩增；⑦产物直接测序进行SNP分型；⑧相关分析；⑨猪NK-lysin基因对免疫性状的相关影响。
4. 研究创新点
通过对NK-lysin基因的功能SNP位点的寻找、筛查与鉴定，从而了解NK-lysin基因的免疫抗性相关作用，在猪的遗传育种方面，可以为进一步标记辅助选择培育具有抗性的猪品系提供理论依据和科学参考。
5. 研究计划与进展
2017.11～2017.12：猪NK-lysin基因组序列分析、文献综述的提交、引物设计与合成。
2018.02～2018.03：鉴定NK-lysin基因， PCR扩增、测序、寻找功能SNP位点、相关分析。
2018.04～2018.05：数据的整理，毕业论文的书写与完成、完成结题工作、毕业答辩。
